使用 PhosphoSitePlus® 研究翻译后修饰的位点和疾病变异


Florian G. 发布于 2019 年 2 月 13 日 03:10:00

在细胞中采用翻译后修饰 (PTM) 来改变蛋白质功能,并且通常涉及蛋白质表面微小的化学变化。添加或减去 PTM 的动态酶催化过程介导细胞中的信号转导。换句话说,PTM 增强了蛋白质与蛋白质的通讯,使细胞能够应答内部或外部信号。

PTM 介导的信号转导网络调节生命的许多基本过程,包括 DNA 转录、细胞分裂和代谢。例如,消耗碳水化合物会导致血糖浓度升高和胰岛素释放。胰岛素与受体的后续结合激活了细胞中 PTM 介导的信号转导通路,触发了促进葡萄糖使用或储存的机制。

大约 25,000 种蛋白质共同作用来控制细胞中的这些基本功能。有超过 400 种已知的 PTM 类型(例如,磷酸化、乙酰化、泛素化或甲基化),每种蛋白质可以在多个位点包含 PTM,因此细胞可以访问成千上万个 PTM 事件的节奏来调节过程。鉴于细胞信号转导的中心作用,研究人员必须拥有有关 PTM 的准确而全面的信息。

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大约 15 年前,Cell Signaling Technology 的科学家决定将有关 PTM 的内部和公开研究整合到一个集中的资源中,并免费与科学界共享。他们从注释磷酸化事件开始,将这一先驱资源命名为 PhosphoSite®。该小组挑选最近的出版物,这些出版物描述了单个磷酸化位点的鉴定及其对生物过程和分子功能的影响。

后来,其他 PTM 类型在文献中有所描述,因此得以整理,因此 PhosphoSite 变成 PhosphoSitePlus® (https://www.phosphosite.org)。从 2000 年代初到今天一直保持这种称为“低产出 (LTP) 挑选”的人工精选过程。PhosphoSitePlus 是世界上唯一包含数千个 PTM 位点及其生物学信息的资源,这些信息经人工管理长达 15 年之久。与任何其他 PTM 来源相比,这可以说是 PhosphoSitePlus 最强大的超级功能之一:已编辑了 20,000 多篇文章。在 2000 年代后期,质谱技术的进步允许对数千个 PTM 位点进行鉴定和定量分析,但通常没有深入的生物学见解。相应的公共数据集或 CST 数据集已作为“高产出 (HTP)” 挑选过程的一部分进行了管理。已集成了大约 250 个已发布的质谱数据集。

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今天,PhosphoSitePlus 包含了 50 万个 PTM 位点。磷酸化、泛素化和乙酰化位点占修饰类型的 90% 以上,最近几年 PTM 位点比例的最大增长是类泛素化修饰、单甲基化和泛素化。除了有关 PTM 的丰富信息外,PhosphoSitePlus 还提供蛋白质生物学的全面内容,包括分子功能、生物学过程、通路、进化保守性、对其他数据源的交叉引用等。

此外,干扰信号转导是导致癌症驱动细胞生长和增殖失控以及其他与疾病相关的细胞功能失调的最常见原因。因此,我们整合了数千种疾病突变,使用户可以分析 PTM 位点的遗传突变的相交。因此,PhosphoSitePlus 还可以作为潜在生物标记或疾病驱动因子的独特资源。

           我们将继续努力,使 PhosphoSitePlus 成为您研究的强大资源。如果您从未访问过,不妨今天浏览一下我们的翻译后修饰库。

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仅供研究使用。不得用于诊断流程。

主题: 翻译后修饰

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