制备 ChIP-seq DNA 库。我该从哪里开始呢?


Tamar A. 发布于 2019 年 9 月 18 日 03:15:00

染色质免疫沉淀测序 (ChIP-seq) 是一种灵活而强大的技术,研究人员用于阐明基因调控如何参与不同的生物学事件以及癌症和神经退行性疾病等各种疾病的进展。

进行 ChIP-seq 实验时,首先使用对关注的目标蛋白特异且经过 ChIP-seq 验证的抗体,将交联的 DNA 和与其相互作用的蛋白进行共免疫沉淀。然后,在使用下一代测序 (NGS) 平台(例如 Illumina® HiSeq 2500 系统)对其进行测序之前,使用免疫富集的 ChIP-DNA 生成 DNA 库。

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这种方法使研究人员能够以无偏倚、全基因组的方式研究 DNA 与蛋白质的相互作用:深入了解疾病相关的转录调控、组织特异性表观遗传调控和染色质组织 (1)。  ChIP-seq 已被用于发现新的调控元件,例如构成“增强体”的转录因子,其在胚胎干细胞分化中起关键作用 (2)。它还揭示了组蛋白修饰和 DNA 甲基化如何影响染色质动力学的见解,而染色质动力学通常在不同疾病状态下失调 (3-5)。

生成高质量、可靠的 ChIP-seq 数据取决于优化 ChIP 实验和 DNA 库制备。为了帮助您获得最佳的 ChIP-seq 结果,我们新的 DNA Library Prep 应用说明提供了 Cell Signaling Technology® (CST®) 专家的提示和建议,包括:

  • 如何根据起始 ChIP-DNA 的量调整 PCR 扩增方案
  • 在发送 DNA 进行测序之前如何确定 DNA 库的质量
  • 如何合并 DNA 库以获得每个样品库所需的测序深度
  • 在开始更深入的分析之前,如何快速高水平评估 ChIP-seq 数据质量

CST 还拥有完整的方案和资源集合,可帮助您进行 ChIP-seq 实验的 ChIP 部分,以及提供经 ChIP-seq 验证的抗体、试剂盒和试剂的完整产品组合。

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参考文献:

  1. Nakato, R. and Shirahige, K. (2017) Brief Bioinform 18(2):279-290.
  2. Beck, S. et al. (2015) Cell Mole Life Sci 72:199-216.
  3. Grosselin, K. et al. (2019) Nature Genetics 51:1060-1066.
  4. Schick, S. et al. (2015) J Cell Sci 128(23):4380-4394
  5. Arneson, D. et al. (2018) J Genet 97(3):795-806.
  6. Simmonds, P. et al. (2017) Genome Med 9:54.
  7. Berson, A. et al. (2018) Trends Neurosci 41(9):587-598.

仅供研究使用。不得用于诊断流程。

主题: ChIP, 表观遗传学

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