本系列的第 1 部分描述了在你的实验步骤中加入适当对照的重要性。在第 2 部分中，我们讨论了染色质制备如何影响最终实验结果。现在，我们花点时间来考虑免疫沉淀抗体。
对目的靶标不具有高度特异性的抗体可能会出现不可预见的结合，并增加背景噪声，从而增加了检测低丰度或低稳定性相互作用的难度。
你的抗体应满足以下标准：
应具备靶标特异性：
- 抗体应表现出预计会在阳性/阴性对照细胞系、敲除型细胞或经 siRNA 处理的细胞中表达。
- 在酶特异性激活剂和/或抑制剂的刺激下，抗体应表现出适当表达。
- 修饰特异性组蛋白抗体的特异性应经过肽阵列或肽 ELISA 的验证。
应具备可接受的信号/背景比：
- 信噪比应经过同型对照评估。
- 根据实时 PCR 分析确定，已知靶基因的富集度应至少比背景水平高 10 倍。
抗体质量不是决定免疫沉淀结果的唯一因素，抗体浓度也会对你的结果造成重大影响。如果抗体浓度相对染色质的量过高，则可能会使实验饱和，导致特异信号降低和/或背景噪声增大。相反，如果抗体浓度过低，则可能无法结合免疫沉淀样品中的所有靶蛋白，导致免疫沉淀效率降低。
CST 经 ChIP 验证的抗体均根据上述标准进行了测试，且每种抗体都有建议的起始浓度。但如果你的抗体来自其他供应商，这些指南也有助于确保你的抗体会产生预期效果。
一旦 DNA 经过免疫沉淀，即可进行纯化，并继续分析结果。那将是我们下一篇帖子的重点，敬请期待……
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这是关于如何改进 ChIP 实验步骤的四部分系列文章中的第三篇。这些帖子改编自我们完整的《成功进行染色质免疫沉淀的指南》，你可以点击下面的按钮来下载。
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